System plików FAT16 jest kolejną odmianą systemu operacyjnego DOS. Jest następcą FAT12, który posiada znaczną ilość modyfikacji oraz możliwości. Jedną z szczególnych uwag dotyczących tego systemu plików jest możliwość użycia go w innych systemach operacyjnych niż DOS.
Pierwsze komputery klasy PC pracujące na systemie plików FAT16 posiadały architekturę 16-bitową. Oznacza to, że taki system posiadał 65536 klastrów, które ograniczają pojemność do 32 MB.
Jeżeli posiadaliśmy większy dysk to obowiązkiem użytku jego możliwości było podzielenie jego pamięci na części ( partycje ). Jeżeli podzielenie dysku nie zostało dokonane dochodziło do marnowania przestrzeni pamięci dysku, która była po prostu nie używana.
FAT16 był używany już w systemach Microsoftu do systemu operacyjnego Windows 95. Jego następcą został FAT32 oraz NTFS, który był przełomowym rozwiązaniem na problemy związane z niewykorzystywaniem wolnej przestrzeni pamięci na dysku twardym oraz dyskietkach. Oczywiście system plików FAT16 nie jest już używany.